O comando cp possui muitas opções, para duplicar diretórios no linux de maneira recursiva, utilizo uma dica que aprendi no blog vivaolinux

Por exemplo, para fazer uma cópia fiel do diretório /home/user/clientes, utilizo o seguinte comando:

cp -Rap /home/user/clientes /home/user/backup/clientes

O segredo está no -Rap.

Tais opções servem para:

    R: copia recursivamente
    a: o mesmo que dpR, "d" não segue links simbólicos e pR são as opções explicadas nos outros ítens.
    p: preserva os atributos do arquivo, como o mesmo dono, mesma máscara, data de modificação, etc.

A letra "a" já equivale ao "R" e ao "p", mas fiz a montagem "Rap" para deixar as coisas mais fáceis, não faz diferença alguma.

 

Fonte: https://www.vivaolinux.com.br/dica/Uma-maneira-facil-de-fazer-a-copia-diretorios